Pierwszoosobowa akcja eksploduje na Macintoshu w Duke Nukem 3D Atomic Edition, gdy irytujący bohater broni rasy ludzkiej, tłukąc kosmitów na 39 poziomach nieustannego chaosu i rzezi. Z zabójczym arsenałem pistoletów, strzelb, granatów, karabinów maszynowych, min, armat, bomb i nie tylko, Duke Nukem biega, pływa, leci (plecak odrzutowy), czołga się i skacze przez cztery epizody: LA Meltdown, Lunar Apocalypse, Shrapnel City i The Birth. Cztery poziomy trudności pozwalają graczom wczuć się w akcję lub zaatakować z całą bronią płonącą od samego początku, gdy Duke napotyka trzęsienia ziemi, drapacze chmur, kaniony, kanały ściekowe i nie tylko. Poziomy są mocno zaludnione przedmiotami poprawiającymi lub zwiększającymi zdrowie (apteczki, zbroje) i ekwipunek (plecak odrzutowy, gogle noktowizyjne, sterydy, buty, sprzęt do nurkowania i karty dostępu), a także szeroką gamą wrogów i postaci. Szturmowcy, żołnierze i kapitanowie, świnie, policjanci, czołgi, drony, patrole zwiadowcze, Octabrain, Protozoid, Slimers, egzekutorzy i nie tylko, się na wielu poziomach, czekając na specjalną markę kontaktu Dukes. Wieloosobowy DukeMatch może pomieścić do ośmiu zawodników za pośrednictwem sieci LAN lub Internetu, a także mecz modemowy dla dwóch graczy. Opcja fałszywego trybu wieloosobowego pozwala solistom grać przeciwko jednemu do siedmiu graczy sterowanych przez komputer z regulowaną sztuczną inteligencją w celu uzyskania ostatecznych wyzwań. Duke Nukem 3D Atomic Edition obsługuje mysz, joystick, gamepad i klawiaturę.